O Programa de Pós-Graduação em Ciências Aplicadas a Produtos para Saúde (PPG-CAPS) teve sua implantação recomendada pela CAPES em julho de 2008, e foi criado para proporcionar aos seus alunos uma formação multi e interdisciplinar, que permita a sua atuação na pesquisa voltada à obtenção de novos produtos e ao monitoramento dos produtos existentes, no âmbito, principalmente, dos produtos farmacêuticos, alimentícios e correlatos. Estes produtos, sendo normalmente complexos, requerem uma abordagem interdisciplinar no que se refere ao estudo de sua composição, produção, controle e utilização. Os cursos de Mestrado e Doutorado do PPG-CAPS, da Faculdade de Farmácia, obtiveram nota 5 na Avaliação Quadrienal 2017 dos programas de pós-graduação stricto sensu em funcionamento no Sistema Nacional de Pós-Graduação (SNPG) realizada pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES).

Programa de Pós-graduação em Administração e Gestão da Assistência Farmacêutica (PPG-GAFAR)

A criação do Programa foi uma evolução natural das atividades de ensino e pesquisa em Assistência Farmacêutica desenvolvidas na Faculdade de Farmácia da Universidade Federal Fluminense (UFF). Neste contexto, ganham destaque o curso de Residência em Farmácia Hospitalar, ativo há 23 anos, e o curso de especialização em Gestão da Assistência Farmacêutica, ambos realizados por meio de parcerias com o Ministério da Saúde. A Residência em Farmácia Hospitalar foi a primeira iniciativa voltada para a formação de farmacêuticos com a abordagem de treinamento em serviço no Brasil. Além do Ministério da Saúde a parceria se estende a secretaria de saúde do município do Rio de Janeiro. As atividades práticas dos residentes são desenvolvidas em hospitais da rede federal, municipal e organizações militares.
Outra iniciativa desenvolvida na Faculdade de Farmácia da UFF foi o curso de especialização em Gestão da Assistência Farmacêutica, realizado em 2009/2010 com uma turma de 32 farmacêuticos oriundos dos estados do Rio de Janeiro e do Espírito Santo. Em seguida, nos anos de 2012 e 2013, faculdade foi um dos polos do curso de Gestão da Assistência Farmacêutica, realizado à distância, iniciativa do Ministério da Saúde, coordenado pela Universidade Federal de Santa Catarina.