O Curso tem como objetivo geral proporcionar ao profissional o acesso a um conjunto de atividades que articulem os conhecimentos técnicos e científicos na área de medicamentos ou alimentos, introduzindo o farmacêutico e profissionais de áreas afins na pesquisa e no desenvolvimento de produtos. Desta forma qualificando-o como profissionais críticos e inseridos no debate sobre o desenvolvimento técnico-científico das matérias em tela. Como objetivo específico do Curso, têm-se o aprofundamento de conhecimentos em uma área básica: Medicamentos ou Alimentos, proporcionando a realização de investigações científicas com base nos subsídios teóricos e teórico-práticos oriundos do desenvolvimento do Curso de Especialização.

A Universidade Federal Fluminense (UFF), inicialmente denominada como Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro, foi estabelecida em 1960 como universidade pública. O campus universitário situa-se na cidade de Niterói, Estado do Rio de Janeiro. Do organograma da UFF constam quatro Centros Universitários, 26 Unidades de Ensino, 84 Departamentos e dois Colégios Agrícolas. Na instituição são oferecidos 58 Cursos de Graduação, 97 Cursos de Pós-graduação lato-sensu e 43 Cursos de Pós-graduação stricto-sensu.

A Faculdade de Farmácia, já fazendo parte da Universidade Federal Fluminense, veio a ocupar o prédio da Rua Dr. Mário Viana 523, no bairro de Santa Rosa, no início dos anos 1960, onde permanece até os dias de hoje.

A investigação científica na Unidade foi iniciada com trabalhos na área de química e tecnologia de alimentos. Em 1996 iniciou-se a ampliação dos trabalhos de pesquisa, especialmente com a criação do Laboratório de Química Medicinal (LQMed) e do Laboratório de Tecnologia de Produtos Naturais (LTPN). O primeiro dedicado ao planejamento e síntese de fármacos, o segundo aos estudos de plantas medicinais e fitofármacos. Ainda em 1996, a Faculdade de Farmácia iniciou as atividades de Pós-graduação, com a criação do Curso de Especialização em Ciências dos Medicamentos e dos Alimentos. O curso conta com professores qualificados da própria UFF, todos com titulação mínima de mestrado, sendo 2/3 possuidores de título de doutor.